Gegründet wurde die eCONNEX AG 1996 durch den damaligen Vorstandsvorsitzenden Alexander Eck. 1999 fand die Umwandlung in eine Aktiengesellschaft statt. 2002 wird die eCONNEX AG Microsoft Partner. Seit 2002 fokussiert und spezialisiert sich die eCONNEX AG immer mehr auf das Themenfeld Customer Relationship Management. Seit 2006 gehört die eCONNEX AG zu den Microsoft Gold Certified Partnern. Im August 2007 wird Nils Bretschneider Vorstandsmitglied der eCONNEX AG. Zu Beginn des Jahres 2010 bündelten die eCONNEX AG und das ebenfalls auf Dynamics CRM-Lösungen spezialisierte Nürnberger Unternehmen impello GmbH durch Merger ihre Kräfte. Tobias Rohrbach (Gründer der impello GmbH) wird im Zuge der Fusion drittes Vorstandsmitglied der eCONNEX AG. Seit Juli 2010 ist die eCONNEX AG Mitglied im President’s Club for Microsoft Dynamics. eCONNEX gehört somit zu den 1 Promille aller Partner innerhalb der weltweiten Microsoft Partner Community, denen diese Ehre zu Teil geworden ist. Seit November 2011 ist die eCONNEX AG ein Unternehmen der Avanade Deutschland GmbH, ein Anbieter von Business-Technologie-Services und Managed Services. Den Vorstand bilden seither Nils Bretschneider und Andrew Smith.
Die Kugler-Womako GmbH, führender Anbieter für Maschinen in der papierverarbeitenden Industrie, führt Microsoft Dynamics CRM ein.
